پروتئین
پارامترهای پروتئین
وزن مولکولی، نقطهٔ ایزوالکتریک، ضریب خاموشی، GRAVY و شاخص آلیفاتیک از روی توالی اسید آمینه. محاسبه در مرورگر شما انجام میشود.
ترکیب اسیدهای آمینه
ضریب خاموشی از شمار تریپتوفان، تیروزین و سیستین محاسبه میشود. ستون سیستیندار فرض میکند همهٔ سیستئینها پل دیسولفید ساختهاند. شاخص آلیفاتیک و GRAVY معیارهای نسبیاند و برای مقایسهٔ پروتئینها به کار میروند، نه برای پیشبینی مطلق پایداری.
فرمول
ε₂₈₀ = ۵۵۰۰ × Trp + ۱۴۹۰ × Tyr + ۱۲۵ × سیستین
- وزن مولکولی
- مجموع وزن باقیماندهها بهعلاوهٔ یک مولکول آب
- pI
- pH ای که در آن بار خالص صفر میشود
- ε₂₈₀
- ضریب خاموشی مولی در ۲۸۰ نانومتر
- GRAVY
- میانگین آبگریزی Kyte-Doolittle روی کل توالی
مثال حلشده
زنجیرهٔ B انسولین با سی اسید آمینه
- FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT
- وزن باقیماندهها جمع و ۱۸٫۰۲ دالتون آب اضافه میشود.
- این توالی دو تیروزین و هیچ تریپتوفانی ندارد: ۲ × ۱۴۹۰ = ۲۹۸۰.
- بار خالص در pHهای مختلف حساب و نقطهٔ صفر شدنش با نصفکردن بازه پیدا میشود.
پاسخ وزن ۳۴۳۰ دالتون، pI برابر ۷٫۴، ضریب خاموشی ۲۹۸۰، GRAVY برابر ۰٫۲۲
خطاهای رایج
- استفاده از ستون سیستیندار برای پروتئینی که در شرایط احیایی است. آن ستون فرض میکند همهٔ سیستئینها پل دیسولفید ساختهاند؛ در حضور DTT یا بتامرکاپتواتانول باید ستون احیا را بخوانید.
- تلاش برای اندازهگیری غلظت پروتئینی که تریپتوفان و تیروزین ندارد. ضریب خاموشیاش نزدیک صفر است و A280 هیچ اطلاعاتی نمیدهد؛ باید از BCA یا Bradford استفاده کنید.
- انتظار اینکه pI محاسبهشده دقیقاً با نقطهٔ تمرکز در ژل بخواند. محاسبه فقط بار گروههای یونیزهشونده را در نظر میگیرد و از ساختار سهبعدی، تغییرات پس از ترجمه و برهمکنشها بیخبر است.
- خواندن GRAVY بهعنوان پیشبینی حلالیت. این عدد میانگین آبگریزی است و برای مقایسهٔ پروتئینها به کار میرود، نه برای پیشبینی اینکه پروتئین در اجسام انکلوزیون میرود یا نه.
پرسشهای متداول
A280 برای محلول ۰٫۱ درصد یعنی چه؟
جذبی که محلول یک میلیگرم بر میلیلیتر آن پروتئین در مسیر یک سانتیمتری میدهد. این عدد از تقسیم ضریب خاموشی بر وزن مولکولی بهدست میآید و برای تبدیل سریع جذب به غلظت جرمی به کار میرود.
چرا شاخص ناپایداری را نمیدهید؟
محاسبهاش به جدول چهارصدتایی وزنهای دیپپتیدی نیاز دارد که بازتولید دقیقش در این ابزار انجام نشده. بهجایش شاخص آلیفاتیک و GRAVY را داریم که فرمول ساده و قطعی دارند.
تگها را هم باید در توالی بیاورم؟
اگر پروتئین نهایی تگ دارد، بله. تگ His ششتایی حدود ۸۴۰ دالتون به وزن اضافه میکند و pI را بهسمت بازی میبرد؛ حذفش از توالی هر دو عدد را جابهجا میکند.