Белки
Параметры белка
Молекулярная масса, изоэлектрическая точка, коэффициент экстинкции, GRAVY и алифатический индекс по аминокислотной последовательности. Всё считается в браузере.
Аминокислотный состав
Коэффициент экстинкции рассчитывается по числу триптофанов, тирозинов и цистинов. Колонка с цистинами предполагает, что все цистеины образовали дисульфидные связи. Алифатический индекс и GRAVY — относительные меры для сравнения белков, а не абсолютный прогноз стабильности.
Формула
ε₂₈₀ = 5500 × Trp + 1490 × Tyr + 125 × цистины
- молекулярная масса
- сумма масс остатков плюс одна молекула воды
- pI
- значение pH, при котором суммарный заряд проходит через нуль
- ε₂₈₀
- молярный коэффициент экстинкции при 280 нм
- GRAVY
- средняя гидрофобность по Кайту-Дулиттлу по всей последовательности
Разобранный пример
B-цепь инсулина из тридцати остатков
- FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT
- Массы остатков суммируются, добавляется 18,02 Да воды.
- В этой последовательности два тирозина и ни одного триптофана: 2 × 1490 = 2980.
- Суммарный заряд рассчитывается по шкале pH, нуль находится делением отрезка пополам.
Ответ 3430 Да, pI 7,4, экстинкция 2980, GRAVY 0,22
Частые ошибки
- Использование колонки с цистинами для белка в восстанавливающих условиях. Она предполагает, что все цистеины образовали дисульфиды; при DTT или 2-меркаптоэтаноле берите восстановленное значение.
- Попытка измерить концентрацию белка без триптофана и тирозина. Его коэффициент экстинкции близок к нулю, и A280 ничего не говорит; используйте BCA или Брэдфорда.
- Ожидание совпадения расчётной pI с точкой фокусировки в геле. Расчёт учитывает лишь ионизируемые группы, но не укладку, посттрансляционные модификации и взаимодействия.
- Толкование GRAVY как прогноза растворимости. Это средняя гидрофобность для сравнения белков, а не предсказание попадания в тельца включения.
Частые вопросы
Что означает A280 для 0,1-процентного раствора?
Поглощение, которое дал бы раствор 1 мг/мл этого белка при пути 1 см. Это коэффициент экстинкции, делённый на молекулярную массу; он сразу переводит поглощение в массовую концентрацию.
Почему нет индекса нестабильности?
Он требует таблицы из четырёхсот дипептидных весов, которая здесь не воспроизводилась. Вместо него даны алифатический индекс и GRAVY с простыми однозначными формулами.
Включать ли метки в последовательность?
Если конечный белок их несёт — да. Гексагистидиновая метка добавляет около 840 Да и сдвигает pI в щелочную сторону; без неё оба числа изменятся.