Protéines
Paramètres protéiques
Masse moléculaire, point isoélectrique, coefficient d’extinction, GRAVY et indice aliphatique à partir d’une séquence d’acides aminés. Tout est calculé dans votre navigateur.
Composition en acides aminés
Le coefficient d’extinction découle du nombre de tryptophanes, tyrosines et cystines. La colonne cystines suppose que toutes les cystéines forment des ponts disulfure. L’indice aliphatique et le GRAVY sont des mesures relatives de comparaison, pas des prédictions absolues de stabilité.
Formule
ε₂₈₀ = 5500 × Trp + 1490 × Tyr + 125 × cystines
- masse moléculaire
- la somme des masses des résidus plus une molécule d’eau
- pI
- le pH auquel la charge nette passe par zéro
- ε₂₈₀
- coefficient d’extinction molaire à 280 nm
- GRAVY
- l’hydropathie moyenne de Kyte-Doolittle sur toute la séquence
Exemple résolu
La chaîne B de l’insuline, trente résidus
- FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT
- Les masses des résidus sont sommées et 18,02 Da d’eau ajoutés.
- Cette séquence compte deux tyrosines et aucun tryptophane : 2 × 1490 = 2980.
- La charge nette est évaluée sur la gamme de pH et le passage par zéro trouvé par dichotomie.
Réponse 3430 Da, pI 7,4, extinction 2980, GRAVY 0,22
Erreurs courantes
- Lire la colonne cystines pour une protéine en conditions réductrices. Elle suppose que toutes les cystéines forment des ponts ; en présence de DTT ou de 2-mercaptoéthanol, prenez la valeur réduite.
- Vouloir doser une protéine sans tryptophane ni tyrosine. Son coefficient d’extinction est quasi nul et l’A280 n’apprend rien ; passez au BCA ou au Bradford.
- Attendre que le pI calculé corresponde au point de focalisation sur gel. Le calcul ne voit que les chaînes latérales ionisables, ni le repliement, ni les modifications post-traductionnelles, ni les interactions.
- Lire le GRAVY comme une prédiction de solubilité. C’est une hydropathie moyenne servant à comparer des protéines, pas un pronostic de corps d’inclusion.
Questions fréquentes
Que signifie l’A280 d’une solution à 0,1 pour cent ?
L’absorbance que donnerait une solution à 1 mg/ml de cette protéine sur un trajet de 1 cm. C’est le coefficient d’extinction divisé par la masse moléculaire ; il convertit directement l’absorbance en concentration massique.
Pourquoi pas d’indice d’instabilité ?
Il exige une table de quatre cents poids dipeptidiques qui n’a pas été reproduite ici. L’indice aliphatique et le GRAVY sont donnés à la place, avec des formules simples et sans ambiguïté.
Faut-il inclure les étiquettes dans la séquence ?
Si la protéine finale les porte, oui. Une étiquette hexahistidine ajoute environ 840 Da et tire le pI vers le basique ; l’omettre décale les deux valeurs.