Calculateurs
ng et pmol
Convertissez une masse d’ADN ou d’ARN en picomoles, femtomoles et nombre de copies, la masse moléculaire étant déduite de la longueur. Pour la ligature, la transformation et les étalons de qPCR.
La masse moléculaire utilise les masses moyennes des bases et reste approximative en dessous d’une centaine de bases. Le calcul exact par composition en bases arrivera avec l’outil amorces.
Formule
n (mol) = m (g) ÷ MW (g/mol)
- m
- masse de l’échantillon
- MW
- masse moléculaire, déduite de la longueur
- ADNdb
- MW ≈ n × 607,4 + 157,9
- ADNsb
- MW ≈ n × 303,7 + 79,0
- ARN
- MW ≈ n × 320,5 + 159,0
Exemple résolu
Combien de picomoles dans 500 ng d’un fragment de 5000 pb ?
- m = 500 ng = 5 × 10⁻⁷ g
- n = 5000 pb, double brin
- Masse moléculaire : 5000 × 607,4 + 157,9 ≈ 3 037 158 g/mol
- Quantité de matière : 5 × 10⁻⁷ ÷ 3 037 158 ≈ 1,65 × 10⁻¹³ mol
- En picomoles : multiplier par 10¹²
- Nombre de copies : multiplier les moles par le nombre d’Avogadro, 6,022 × 10²³
Réponse 0,165 pmol et environ 9,9 × 10¹⁰ copies
Erreurs courantes
- Appliquer la formule double brin à un oligo. Un oligonucléotide est simple brin et pèse environ moitié moins par base : le mauvais choix fausse le résultat d’un facteur deux.
- Se fier aux masses moyennes pour des séquences très courtes. En dessous d’une centaine de bases, la composition réelle compte et un calcul exact s’impose.
- Saisir la longueur du plasmide entier au lieu de celle de l’insert, ou l’inverse, lors du calcul du rapport molaire pour une ligature.
- Oublier qu’une lecture au NanoDrop inclut l’ARN et les nucléotides libres ; la masse saisie doit correspondre au fragment visé.
Questions fréquentes
Comment fixer le rapport vecteur/insert ?
Convertissez chaque masse en picomoles séparément, puis fixez le rapport molaire. Pour des extrémités cohésives, on utilise couramment une part de vecteur pour trois parts d’insert, en moles.
À quoi sert le nombre de copies ?
Il est nécessaire pour construire une courbe étalon absolue en qPCR. Connaître les copies dans chaque dilution permet d’estimer les copies de la cible dans un échantillon inconnu.
Cela vaut-il pour un plasmide circulaire ?
Oui. La masse moléculaire dépend du nombre de paires de bases et non de la forme de la molécule : un plasmide circulaire et un fragment linéaire de même longueur pèsent autant.