Калькуляторы
нг и пмоль
Перевод массы ДНК или РНК в пикомоли, фемтомоли и число копий; молекулярная масса рассчитывается по длине последовательности. Для лигирования, трансформации и стандартов qPCR.
Молекулярная масса рассчитана по средним массам оснований и приблизительна для последовательностей короче примерно ста оснований. Точный расчёт по составу оснований появится в инструменте для праймеров.
Формула
n (моль) = m (г) ÷ MW (г/моль)
- m
- масса образца
- MW
- молекулярная масса, вычисляется по длине
- дцДНК
- MW ≈ n × 607,4 + 157,9
- оцДНК
- MW ≈ n × 303,7 + 79,0
- РНК
- MW ≈ n × 320,5 + 159,0
Разобранный пример
Сколько пикомолей в 500 нг фрагмента длиной 5000 п.н.?
- m = 500 нг = 5 × 10⁻⁷ г
- n = 5000 п.н., двухцепочечный
- Молекулярная масса: 5000 × 607,4 + 157,9 ≈ 3 037 158 г/моль
- Количество вещества: 5 × 10⁻⁷ ÷ 3 037 158 ≈ 1,65 × 10⁻¹³ моль
- В пикомоли: умножить на 10¹²
- Число копий: умножить моли на число Авогадро, 6,022 × 10²³
Ответ 0,165 пмоль и примерно 9,9 × 10¹⁰ копий
Частые ошибки
- Применение формулы для двухцепочечной ДНК к олигонуклеотиду. Олигонуклеотид одноцепочечный и весит примерно вдвое меньше на основание, поэтому ошибка удваивает результат.
- Доверие средним массам оснований для очень коротких последовательностей. Ниже примерно ста оснований реальный состав заметно влияет и нужен точный расчёт.
- Ввод длины всей плазмиды вместо длины вставки или наоборот при подборе молярного соотношения для лигирования.
- Забывают, что показание нанодропа включает РНК и свободные нуклеотиды; вводить нужно массу именно нужного фрагмента.
Частые вопросы
Как подобрать соотношение вектор : вставка?
Переведите массу каждого компонента в пикомоли отдельно, затем задайте молярное соотношение. Для липких концов обычно берут одну часть вектора на три части вставки по молям.
Зачем нужно число копий?
Оно требуется для построения абсолютной калибровочной кривой в qPCR. Зная число копий в каждом разведении, можно оценить количество копий мишени в неизвестном образце.
Работает ли это для кольцевой плазмиды?
Да. Молекулярная масса зависит от числа пар оснований, а не от формы молекулы, поэтому кольцевая плазмида и линейный фрагмент той же длины весят одинаково.