وکتور
حاشیهنویسی خودکار وکتور
شناسایی خودکار پروموتر، تگ، جایگاه پروتئازی و نواحی نوترکیبی روی توالی وکتور، با امکان افزودن ویژگی دلخواه و خروجی GenBank حاشیهنویسیشده.
ویژگیهای شناساییشده
هیچ ویژگیای از کتابخانه پیدا نشد. عدمتطابق مجاز را بالا ببرید یا ویژگی خودتان را در بخش پایین اضافه کنید.
افزودن ویژگی دلخواه
کتابخانهٔ داخلی فقط موتیفهای کوتاه و شناختهشده را دارد. برای ویژگیهای بلند مثل پروموتر CMV، ژن مقاومت یا مبدأ همانندسازی، توالی را از نقشهٔ خودتان بردارید و اینجا اضافه کنید؛ تا پایان همین جلسه در مرورگر میماند.
تگها و جایگاههای پروتئازی در سطح پروتئین جستوجو میشوند، یعنی هر شش قاب خواندن ترجمه و در آنها دنبال موتیف گشته میشود. این روش تگ را مستقل از کدونهای بهکاررفته پیدا میکند، ولی یعنی ممکن است در قاب اشتباه هم تطابق تصادفی بدهد؛ ستون شواهد قاب را نشان میدهد تا خودتان داوری کنید. عدمتطابق مجاز فقط روی الگوهای DNA اعمال میشود.
فرمول
موتیف → ترجمهٔ شش قاب → مختصات روی DNA
- الگوی DNA
- روی هر دو رشته جستوجو میشود و بازهای مبهم IUPAC را میفهمد
- موتیف پروتئینی
- هر شش قاب ترجمه و موتیف در آنها جستوجو میشود
- عدمتطابق مجاز
- فقط روی الگوهای DNA اعمال میشود، نه موتیفهای پروتئینی
مثال حلشده
چرا تگ His با جستوجوی DNA پیدا نمیشود ولی با جستوجوی پروتئینی میشود
- سازندهٔ اول: CACCACCACCACCACCAC
- سازندهٔ دوم: CATCATCATCATCATCAT
- سازندهٔ سوم: CACCATCACCATCACCAT
- هر سه توالی DNA کاملاً متفاوتاند، پس یک الگوی DNA حداکثر یکیشان را پیدا میکند.
- ولی هر سه به HHHHHH ترجمه میشوند.
- ابزار توالی را در شش قاب ترجمه میکند و HHHHHH را در ترجمهها میجوید.
- سپس موقعیت اسید آمینه را به مختصات DNA برمیگرداند.
پاسخ هر سه با یک موتیف واحد پیدا میشوند، مستقل از کدونهایی که سازنده انتخاب کرده
خطاهای رایج
- اعتماد کامل به تطابقهای پروتئینی بدون نگاه کردن به ستون شواهد. جستوجو در شش قاب یعنی موتیف کوتاه ممکن است در قاب اشتباه هم تصادفی ظاهر شود؛ قاب در ستون شواهد نوشته شده تا خودتان داوری کنید.
- انتظار پیدا شدن پروموتر CMV یا ژن مقاومت. کتابخانهٔ داخلی فقط موتیفهای کوتاه و تثبیتشده دارد؛ ویژگیهای چند صد بازی را باید از نقشهٔ خودتان بردارید و در بخش پایین اضافه کنید.
- بالا بردن بیدلیل عدمتطابق مجاز. با دو عدمتطابق روی یک موتیف هجده بازی، تعداد تطابقهای تصادفی بهسرعت زیاد میشود.
- برداشتن تیک ویژگیهای موجود فایل. اگر آن گزینه خاموش باشد، حاشیهنویسی اصلی فایل GenBank شما در خروجی نمیآید و فقط یافتههای خودکار میمانند.
پرسشهای متداول
ویژگی دلخواهی که اضافه میکنم ذخیره میشود؟
نه، فقط تا پایان همین جلسه در مرورگر میماند. برای ماندگار شدن باید در جدول feature_library وارد شود.
چرا یک موتیف دو بار در فهرست آمده؟
چون روی هر دو رشته یا در بیش از یک قاب تطابق داشته. ستون رشته و ستون شواهد تفاوتشان را نشان میدهد؛ تیک آنهایی را که نمیخواهید بردارید.
DDDDK چرا داخل تگ FLAG هم پیدا میشود؟
چون جایگاه انتروکیناز یعنی DDDDK و انتهای توالی FLAG یعنی DYKDDDDK دقیقاً همان را در خود دارد. این تطابق واقعی است، نه خطا؛ تصمیم با شماست که کدام را نگه دارید.