Векторы
Автоаннотация вектора
Автоматический поиск промоторов, меток, сайтов протеаз и рекомбинации в последовательности вектора, добавление своих элементов и выгрузка аннотированного GenBank.
Найденные элементы
Из библиотеки ничего не совпало. Увеличьте допуск несовпадений или добавьте свой элемент в разделе ниже.
Добавить свой элемент
Встроенная библиотека содержит лишь короткие, хорошо известные мотивы. Для длинных элементов — промотора CMV, гена устойчивости, точки начала репликации — возьмите последовательность со своей карты и добавьте сюда; она сохранится в браузере на время сеанса.
Метки и сайты протеаз ищутся на уровне белка: транслируются все шесть рамок, и мотив ищется в каждой. Так метка находится независимо от использованных кодонов, но возможны случайные совпадения в неверной рамке — столбец основания показывает рамку, чтобы вы могли судить сами. Допуск несовпадений действует только для шаблонов ДНК.
Формула
мотив → трансляция в шести рамках → координаты на ДНК
- шаблон ДНК
- ищется на обеих цепях, вырожденные символы IUPAC учитываются
- белковый мотив
- транслируются все шесть рамок, и мотив ищется в каждой
- допуск несовпадений
- действует только для шаблонов ДНК, но не для белковых мотивов
Разобранный пример
Почему метка His ускользает от поиска по ДНК, но не от поиска по белку
- первая конструкция: CACCACCACCACCACCAC
- вторая конструкция: CATCATCATCATCATCAT
- третья конструкция: CACCATCACCATCACCAT
- Все три последовательности ДНК совершенно разные, поэтому один шаблон ДНК найдёт максимум одну из них.
- Но все три транслируются в HHHHHH.
- Инструмент транслирует последовательность в шести рамках и ищет HHHHHH в трансляциях.
- Затем позиция аминокислоты пересчитывается обратно в координаты ДНК.
Ответ все три находятся одним мотивом, какими бы кодонами их ни записали
Частые ошибки
- Доверять белковым совпадениям, не глядя на столбец основания. Поиск в шести рамках означает, что короткий мотив может случайно возникнуть в неверной рамке; рамка выводится, чтобы вы могли судить сами.
- Ожидать, что найдётся промотор CMV или ген устойчивости. Встроенная библиотека содержит только короткие устоявшиеся мотивы; элементы длиной в сотни оснований нужно взять со своей карты и добавить ниже.
- Без нужды повышать допуск несовпадений. При двух несовпадениях на мотиве из восемнадцати оснований случайные попадания множатся очень быстро.
- Снимать галочку сохранения существующих элементов. Тогда исходная аннотация вашего файла GenBank в вывод не попадёт и останутся только автоматические находки.
Частые вопросы
Сохраняется ли добавленный мной элемент?
Нет, он живёт в браузере только в течение сеанса. Чтобы он остался навсегда, добавьте строку в таблицу feature_library.
Почему один мотив встречается в списке дважды?
Потому что он совпал на обеих цепях либо более чем в одной рамке. Столбцы цепи и основания показывают разницу; лишние можно снять галочкой.
Почему DDDDK находится внутри метки FLAG?
Потому что сайт энтерокиназы — это DDDDK, а окончание последовательности FLAG, DYKDDDDK, содержит его целиком. Совпадение настоящее, а не ошибка; что оставить — решать вам.