Vecteurs
Annotation automatique de vecteur
Repérer automatiquement promoteurs, étiquettes, sites de protéase et de recombinaison dans une séquence de vecteur, ajouter vos propres éléments et exporter un GenBank annoté.
Éléments détectés
Rien de la bibliothèque ne correspond. Augmentez la tolérance, ou ajoutez votre propre élément dans la section ci-dessous.
Ajouter votre propre élément
La bibliothèque intégrée ne contient que des motifs courts et bien établis. Pour les éléments longs — promoteur CMV, gène de résistance, origine de réplication — copiez la séquence depuis votre propre carte et ajoutez-la ici ; elle reste dans votre navigateur le temps de la session.
Les étiquettes et sites de protéase sont cherchés au niveau protéique : les six cadres sont traduits et le motif y est recherché. L’étiquette est ainsi trouvée quels que soient les codons employés, mais une correspondance fortuite peut apparaître dans un mauvais cadre — la colonne indice donne le cadre pour que vous puissiez juger. La tolérance aux mésappariements ne s’applique qu’aux motifs d’ADN.
Formule
motif → traduction en six cadres → coordonnées sur l’ADN
- motif d’ADN
- cherché sur les deux brins, les codes d’ambiguïté IUPAC étant compris
- motif protéique
- les six cadres sont traduits et le motif est cherché dans chacun
- tolérance aux mésappariements
- ne s’applique qu’aux motifs d’ADN, jamais aux motifs protéiques
Exemple résolu
Pourquoi une étiquette His échappe à une recherche ADN mais pas à une recherche protéique
- première construction : CACCACCACCACCACCAC
- deuxième construction : CATCATCATCATCATCAT
- troisième construction : CACCATCACCATCACCAT
- Les trois séquences d’ADN sont totalement différentes : un motif ADN n’en trouvera au mieux qu’une.
- Mais toutes trois se traduisent en HHHHHH.
- L’outil traduit la séquence dans les six cadres et y cherche HHHHHH.
- Il reconvertit ensuite la position en acides aminés vers des coordonnées d’ADN.
Réponse les trois sont trouvées par un seul motif, quels que soient les codons choisis
Erreurs courantes
- Se fier aux correspondances protéiques sans lire la colonne indice. Chercher dans six cadres signifie qu’un motif court peut surgir par hasard dans le mauvais cadre ; le cadre est indiqué pour que vous puissiez juger.
- Attendre que le promoteur CMV ou un gène de résistance soit trouvé. La bibliothèque intégrée ne contient que des motifs courts et bien établis ; les éléments de plusieurs centaines de bases doivent être copiés depuis votre propre carte.
- Augmenter la tolérance sans raison. À deux mésappariements sur un motif de dix-huit bases, les correspondances fortuites se multiplient vite.
- Décocher l’option qui conserve les éléments existants. Sans elle, l’annotation d’origine de votre fichier GenBank disparaît de la sortie et seules restent les trouvailles automatiques.
Questions fréquentes
Un élément personnalisé est-il enregistré ?
Non, il ne vit dans votre navigateur que le temps de la session. Pour le rendre permanent, ajoutez une ligne à la table feature_library.
Pourquoi un motif apparaît-il deux fois ?
Parce qu’il correspond sur les deux brins, ou dans plus d’un cadre. Les colonnes brin et indice montrent la différence ; décochez ceux dont vous ne voulez pas.
Pourquoi DDDDK est-il trouvé dans l’étiquette FLAG ?
Parce que le site d’entérokinase est DDDDK et que la fin de la séquence FLAG, DYKDDDDK, le contient exactement. La correspondance est réelle et non une erreur ; à vous de choisir laquelle garder.