وکتور
نقشهٔ پلاسمید و GenBank
خواندن فایل GenBank و رسم نقشهٔ دایرهای یا خطی پلاسمید، بههمراه خروجی GenBank، FASTA، SVG و PNG. هیچ فایلی آپلود نمیشود.
ویژگیها
این فایل هیچ ویژگیای ندارد. توالی خام یا FASTA فقط نقشهٔ خالی میسازد؛ برای دیدن پروموتر و تگ و مقاومت، فایل GenBank بدهید.
همهچیز در مرورگر شما پردازش میشود و هیچ فایلی آپلود نمیشود. خروجی GenBank دوباره قابل خواندن در SnapGene، Benchling و ApE است. برچسب ویژگیها از label، gene، product یا note خوانده میشود، به همین ترتیب اولویت.
فرمول
LOCUS → FEATURES → ORIGIN
- LOCUS
- سطر اول فایل: نام، طول بر حسب جفتباز، و حلقوی یا خطی بودن
- FEATURES
- فهرست ویژگیها؛ هر کدام یک نوع، یک مکان و چند کیفایر دارد
- ORIGIN
- خود توالی، در بلوکهای دهتایی و شصت باز در هر سطر
- complement()
- ویژگی روی رشتهٔ مقابل قرار دارد
- join()
- ویژگی از چند قطعهٔ جدا تشکیل شده — اگزونها یا عبور از مبدأ
مثال حلشده
فهمیدن اینکه یک ویژگی روی کدام رشته و کجاست
- CDS complement(1400..2260)
- /label="AmpR"
- عدد اول و دوم مختصات روی رشتهٔ بالا هستند و از یک شمرده میشوند.
- کلمهٔ complement یعنی ژن روی رشتهٔ پایین است و از ۲۲۶۰ بهسمت ۱۴۰۰ خوانده میشود.
- طول ویژگی برابر است با ۲۲۶۰ منهای ۱۴۰۰ بهعلاوهٔ یک.
- در نقشه، پیکان این ویژگی خلاف جهت عقربههای ساعت نشان میدهد.
پاسخ ژن مقاومت آمپیسیلین، ۸۶۱ جفتباز، روی رشتهٔ معکوس
خطاهای رایج
- کپی کردن نصفهٔ فایل GenBank. اگر بخش ORIGIN یا خط پایانی دو اسلش جا بیفتد، توالی خوانده نمیشود و نقشه خالی درمیآید.
- انتظار داشتن اینکه یک فایل FASTA ویژگی داشته باشد. FASTA فقط توالی است؛ برای دیدن پروموتر و تگ و مقاومت، یا فایل GenBank بدهید یا از ابزار حاشیهنویسی خودکار استفاده کنید.
- فراموش کردن اینکه مختصات GenBank از یک شروع میشوند، نه از صفر. اگر با خروجی برنامهای کار میکنید که از صفر میشمارد، همهجا یک واحد اختلاف خواهید داشت.
- علامتنزدن گزینهٔ حلقوی برای پلاسمید. آنوقت ویژگیهایی که روی نقطهٔ اتصال انتها و ابتدا افتادهاند و جایگاههای برشی همان ناحیه دیده نمیشوند.
پرسشهای متداول
برچسب ویژگیها از کجا خوانده میشود؟
به ترتیب اولویت از کیفایرهای label، gene، product، note و standard_name. اگر هیچکدام نبود، خودِ نوع ویژگی نمایش داده میشود. این همان ترتیبی است که SnapGene و Benchling هم استفاده میکنند.
خروجی GenBank این ابزار در نرمافزارهای دیگر باز میشود؟
بله. قالب استاندارد نوشته میشود و رفتوبرگشت کامل تست شده است: طول، توالی، تعداد ویژگیها، جهت رشته و مکانهای join دستنخورده میمانند.
چرا بعضی ویژگیها روی حلقههای بیرونیتر رسم شدهاند؟
وقتی دو ویژگی همپوشانی دارند نمیشود روی یک حلقه نشانشان داد. ابزار هر ویژگی را در نزدیکترین حلقهای میگذارد که با ویژگیهای موجود آن حلقه برخورد نکند؛ پس فاصلهٔ حلقه از مرکز معنای زیستی ندارد.