Векторы
Карта плазмиды и GenBank
Чтение файла GenBank и построение кольцевой или линейной карты плазмиды с выгрузкой в GenBank, FASTA, SVG и PNG. Файлы никуда не отправляются.
Элементы
В файле нет элементов. Из простой последовательности или FASTA получится пустая карта; для промоторов, меток и маркеров устойчивости нужен файл GenBank.
Всё обрабатывается в браузере, файлы никуда не отправляются. Полученный GenBank открывается в SnapGene, Benchling и ApE. Подписи элементов берутся из label, gene, product или note — именно в этом порядке.
Формула
LOCUS → FEATURES → ORIGIN
- LOCUS
- первая строка: название, длина в парах оснований, кольцевая или линейная
- FEATURES
- перечень элементов; у каждого есть тип, расположение и набор квалификаторов
- ORIGIN
- сама последовательность, блоками по десять, по шестьдесят оснований в строке
- complement()
- элемент расположен на противоположной цепи
- join()
- элемент собран из отдельных участков — экзоны либо переход через начало координат
Разобранный пример
Как понять, на какой цепи и где находится элемент
- CDS complement(1400..2260)
- /label="AmpR"
- Два числа — координаты на верхней цепи, отсчёт с единицы.
- Слово complement означает, что ген лежит на нижней цепи и читается от 2260 к 1400.
- Длина равна 2260 минус 1400 плюс один.
- На карте стрелка этого элемента направлена против часовой стрелки.
Ответ ген устойчивости к ампициллину, 861 п.н., на обратной цепи
Частые ошибки
- Копирование лишь части файла GenBank. Без блока ORIGIN или завершающих двух косых черт последовательность не читается и карта выходит пустой.
- Ожидание, что файл FASTA содержит элементы. FASTA — это только последовательность; для промоторов, меток и маркеров устойчивости нужен GenBank либо автоаннотация.
- Забывают, что координаты GenBank начинаются с единицы, а не с нуля. При работе с выводом программы, считающей с нуля, всё сместится на единицу.
- Плазмида помечена как линейная. Тогда элементы на стыке конца и начала, а также сайты рестрикции в этой области, будут пропущены.
Частые вопросы
Откуда берётся подпись элемента?
Из квалификаторов label, gene, product, note и standard_name — именно в этом порядке. Если ни одного нет, показывается сам тип элемента. SnapGene и Benchling используют тот же порядок.
Откроется ли полученный GenBank в других программах?
Да. Пишется стандартный формат, и полный цикл чтение-запись-чтение проверен: длина, последовательность, число элементов, цепь и расположения join сохраняются.
Почему некоторые элементы нарисованы на внешних кольцах?
Два перекрывающихся элемента не помещаются на одном кольце. Каждый ставится на ближайшее кольцо, где нет столкновения, поэтому удалённость от центра не несёт биологического смысла.