Vecteurs
Carte de plasmide et GenBank
Lire un fichier GenBank et tracer une carte de plasmide circulaire ou linéaire, avec export GenBank, FASTA, SVG et PNG. Aucun fichier n’est envoyé.
Éléments
Ce fichier ne contient aucun élément. Une séquence brute ou FASTA donne une carte vide ; fournissez un fichier GenBank pour voir promoteurs, étiquettes et marqueurs de résistance.
Tout est traité dans votre navigateur, aucun fichier n’est envoyé. Le GenBank produit se rouvre dans SnapGene, Benchling et ApE. Les libellés proviennent de label, gene, product ou note, dans cet ordre de préférence.
Formule
LOCUS → FEATURES → ORIGIN
- LOCUS
- la première ligne : nom, longueur en paires de bases, circulaire ou linéaire
- FEATURES
- la liste des éléments ; chacun a un type, une position et des qualificateurs
- ORIGIN
- la séquence elle-même, par blocs de dix et soixante bases par ligne
- complement()
- l’élément se trouve sur le brin opposé
- join()
- l’élément est fait de morceaux séparés — exons, ou passage par l’origine
Exemple résolu
Déterminer sur quel brin se trouve un élément, et où
- CDS complement(1400..2260)
- /label="AmpR"
- Les deux nombres sont des coordonnées sur le brin supérieur, comptées à partir de un.
- Le mot complement indique que le gène est sur le brin inférieur et se lit de 2260 vers 1400.
- Sa longueur vaut 2260 moins 1400 plus un.
- Sur la carte, sa flèche pointe dans le sens antihoraire.
Réponse le gène de résistance à l’ampicilline, 861 pb, sur le brin inverse
Erreurs courantes
- Ne copier qu’une partie du fichier GenBank. Sans le bloc ORIGIN ou la double barre oblique finale, la séquence n’est pas lue et la carte sort vide.
- Attendre d’un fichier FASTA qu’il porte des éléments. Le FASTA n’est que de la séquence ; pour les promoteurs, étiquettes et marqueurs, fournissez un GenBank ou passez par l’annotation automatique.
- Oublier que les coordonnées GenBank commencent à un, et non à zéro. Avec la sortie d’un programme qui compte à partir de zéro, tout sera décalé d’une unité.
- Laisser un plasmide déclaré linéaire. Les éléments à cheval sur la jonction entre la fin et le début, et les sites de restriction de cette zone, seront alors manqués.
Questions fréquentes
D’où vient le libellé d’un élément ?
Des qualificateurs label, gene, product, note et standard_name, dans cet ordre de préférence. À défaut, le type de l’élément est affiché. SnapGene et Benchling suivent le même ordre.
Le GenBank produit s’ouvre-t-il dans d’autres logiciels ?
Oui. Le format standard est respecté et un aller-retour complet est testé : longueur, séquence, nombre d’éléments, brin et positions join sont préservés.
Pourquoi certains éléments sont-ils dessinés sur des anneaux extérieurs ?
Deux éléments qui se recouvrent ne tiennent pas sur le même anneau. Chacun est placé sur l’anneau le plus proche où il n’y a pas de collision : la distance au centre n’a donc aucune signification biologique.