توالی
ترجمه و ORF
ترجمهٔ توالی نوکلئوتیدی در شش قاب خواندن با چهار جدول کد ژنتیکی، و یافتن چارچوبهای خواندنی باز با امکان پذیرش کدونهای آغاز جایگزین.
توالی ورودی
ترجمهٔ ششقابی
چارچوبهای خواندنی باز
با این تنظیمات هیچ ORF ای پیدا نشد. حداقل طول را کم کنید.
فرمول
هر سه نوکلئوتید = یک کدون = یک اسید آمینه
- قاب مثبت
- سه قاب روی رشتهٔ دادهشده، با شروع از باز اول، دوم و سوم
- قاب منفی
- همان سه قاب روی مکمل معکوس
- ORF
- از کدون آغاز تا اولین کدون پایان در همان قاب
مثال حلشده
یافتن ناحیهٔ کدکنندهٔ پروتئین GFP در یک قطعهٔ ۴۴۱ بازی
- توالی با ATG شروع و با TAA تمام میشود
- هر شش قاب ترجمه میشوند و کدونهای پایان با رنگ متفاوت مشخص میشوند.
- قابی که ترجمهٔ پیوسته و بدون کدون پایان دارد، قاب کدکننده است.
- ابزار همان ناحیه را بهعنوان ORF فهرست میکند.
پاسخ قاب مثبت یک، از باز ۱ تا ۴۴۱، برابر ۱۴۶ اسید آمینه بهعلاوهٔ کدون پایان
خطاهای رایج
- ترجمه در قاب اشتباه. اگر خروجی پر از ستاره بود، یعنی قاب کدکننده را پیدا نکردهاید؛ به قابهای دیگر و به رشتهٔ مقابل نگاه کنید.
- استفاده از جدول استاندارد برای توالی میتوکندریایی. در میتوکندری مهرهداران کدون TGA بهجای پایان، تریپتوفان است و AGA و AGG کدون پایاناند.
- گزارش طول ORF بدون مشخص کردن اینکه کدون پایان شمرده شده یا نه. در این ابزار ستون نوکلئوتید شامل کدون پایان است و ستون اسید آمینه نیست.
پرسشهای متداول
چرا طول ORF بر تعداد اسید آمینه دقیقاً تقسیم بر سه نیست؟
چون کدون پایان در طول نوکلئوتیدی شمرده میشود ولی اسید آمینهای تولید نمیکند. برای همین تعداد اسید آمینه برابر طول تقسیم بر سه منهای یک است.
کدون آغاز جایگزین یعنی چه؟
در باکتریها کدونهای GTG و TTG هم میتوانند شروع ترجمه باشند. اگر روی توالی پروکاریوتی کار میکنید، آن گزینه را فعال کنید وگرنه بخشی از ژنها را از دست میدهید.