Séquences
Traduction et ORF
Traduisez une séquence nucléotidique dans les six cadres de lecture avec quatre tables du code génétique, et trouvez les cadres ouverts avec ou sans codons d’initiation alternatifs.
Traduction en six cadres
Cadres de lecture ouverts
Aucun ORF avec ces réglages. Réduisez la longueur minimale.
Formule
trois nucléotides = un codon = un acide aminé
- cadres directs
- trois cadres sur le brin fourni, à partir de la base un, deux et trois
- cadres inverses
- les mêmes trois cadres sur le complément inverse
- ORF
- du codon d’initiation au premier codon stop dans le même cadre
Exemple résolu
Trouver la région codante de la GFP dans un fragment de 441 bases
- la séquence commence par ATG et finit par TAA
- Les six cadres sont traduits et les codons stop mis en évidence.
- Le cadre à traduction continue, sans stop interne, est le cadre codant.
- L’outil liste cette même région comme ORF.
Réponse cadre direct 1, de la base 1 à 441, soit 146 acides aminés plus un codon stop
Erreurs courantes
- Traduire dans le mauvais cadre. Si le résultat est truffé d’astérisques, le cadre codant n’a pas été trouvé — regardez les autres cadres et le brin opposé.
- Employer la table standard sur une séquence mitochondriale. Chez les vertébrés, TGA code le tryptophane au lieu d’un stop, et AGA et AGG sont des stops.
- Donner la longueur d’un ORF sans préciser si le codon stop est compté. Ici la colonne nucléotides l’inclut, la colonne acides aminés non.
Questions fréquentes
Pourquoi la longueur de l’ORF ne fait-elle pas exactement trois fois le nombre d’acides aminés ?
Parce que le codon stop compte dans la longueur mais ne produit pas d’acide aminé. Le nombre d’acides aminés vaut donc la longueur divisée par trois, moins un.
Que sont les codons d’initiation alternatifs ?
Chez les bactéries, GTG et TTG peuvent aussi initier la traduction. Activez cette option sur une séquence procaryote, faute de quoi une partie des gènes vous échappera.