Последовательности
Трансляция и ORF
Трансляция нуклеотидной последовательности во всех шести рамках с четырьмя таблицами генетического кода и поиск открытых рамок считывания с учётом альтернативных старт-кодонов.
Входная последовательность
Трансляция в шести рамках
Открытые рамки считывания
При этих настройках ORF не найдены. Уменьшите минимальную длину.
Формула
три нуклеотида = один кодон = одна аминокислота
- прямые рамки
- три рамки на данной цепи, начиная с первого, второго и третьего основания
- обратные рамки
- те же три рамки на обратном комплементе
- ORF
- от старт-кодона до первого стоп-кодона в той же рамке
Разобранный пример
Поиск кодирующей области GFP во фрагменте из 441 основания
- последовательность начинается с ATG и заканчивается TAA
- Все шесть рамок транслируются, стоп-кодоны выделяются цветом.
- Рамка с непрерывной трансляцией без внутренних стопов и есть кодирующая.
- Инструмент выводит этот же участок как ORF.
Ответ прямая рамка 1, основания с 1 по 441, то есть 146 аминокислот плюс стоп-кодон
Частые ошибки
- Трансляция не в той рамке. Если результат полон звёздочек, кодирующая рамка не найдена — проверьте другие рамки и противоположную цепь.
- Использование стандартной таблицы для митохондриальной последовательности. В митохондриях позвоночных TGA кодирует триптофан, а AGA и AGG являются стоп-кодонами.
- Указание длины ORF без пояснения, учтён ли стоп-кодон. Здесь столбец нуклеотидов включает стоп-кодон, а столбец аминокислот — нет.
Частые вопросы
Почему длина ORF не ровно втрое больше числа аминокислот?
Потому что стоп-кодон входит в длину, но аминокислоты не даёт. Число аминокислот равно длине, делённой на три, минус единица.
Что такое альтернативные старт-кодоны?
У бактерий трансляцию могут начинать GTG и TTG. Для прокариотических последовательностей включите эту опцию, иначе часть генов будет пропущена.