Séquences
Sites de restriction
Repérez les sites de restriction sur une séquence linéaire ou circulaire, avec digestion virtuelle, filtre par type d’extrémité, prise en charge des enzymes de type IIS et gel simulé.
Enzymes coupantes
Aucun site de restriction avec ces réglages.
Gel simulé
Les positions commencent à 1 et désignent le début du site de reconnaissance. Pour les enzymes de type IIS, les nombres entre parenthèses donnent la distance de coupure depuis la fin du site. La sensibilité à la méthylation n’est pas modélisée.
Formule
EcoRI : G^AATTC → extrémité 5′ sortante de quatre bases
- ^
- position de coupure sur le brin supérieur
- nombre entre parenthèses
- décalage entre les coupures des deux brins ; positif signifie une extrémité 5′ sortante
- type IIS
- par exemple GGTCTC(1/5), qui coupe hors de son site de reconnaissance
Exemple résolu
Choisir des enzymes pour un clonage orienté dans un vecteur
- l’insert et le vecteur doivent être coupés par deux enzymes différentes
- Passez en mode sites uniques pour écarter les enzymes qui coupent plusieurs fois.
- Choisissez deux enzymes aux extrémités différentes pour que l’insert ne puisse entrer que dans un sens.
- Vérifiez qu’aucun de ces sites ne se trouve à l’intérieur de l’insert.
Réponse une paire d’enzymes coupant chacune exactement une fois, dans le polylinker
Erreurs courantes
- Oublier la sensibilité à la méthylation. Les systèmes Dam et Dcm d’E. coli bloquent des enzymes comme XbaI et ClaI ; cet outil ne modélise pas la méthylation.
- Laisser un plasmide déclaré linéaire. Sans l’option circulaire, les sites à cheval sur la jonction entre la fin et le début de la séquence sont manqués.
- Placer un site de restriction tout au bout d’une amorce sans marge. La plupart des enzymes ne coupent pas un site affleurant l’extrémité ; trois à six bases supplémentaires sont généralement nécessaires.
Questions fréquentes
Pourquoi les positions diffèrent-elles d’un autre logiciel ?
Ici les positions commencent à 1 et désignent le début du site de reconnaissance, pas la coupure. Certains logiciels indiquent la coupure, quelques bases plus loin.
À quoi servent les enzymes de type IIS ?
Comme elles coupent hors de leur site de reconnaissance, elles créent l’extrémité de votre choix sans laisser de cicatrice dans le produit. C’est le principe du Golden Gate et du MoClo.