Последовательности
Сайты рестрикции
Поиск сайтов рестрикции на линейной или кольцевой последовательности с виртуальным гидролизом, фильтром по типу концов, поддержкой ферментов типа IIS и моделью геля.
Режущие ферменты
Сайтов рестрикции с этими настройками не найдено.
Модель геля
Позиции нумеруются с единицы и указывают на начало сайта узнавания. Для ферментов типа IIS числа в скобках — расстояние разреза от конца сайта. Чувствительность к метилированию не учитывается.
Формула
EcoRI: G^AATTC → 4-нуклеотидный 5′-выступ
- ^
- место разреза верхней цепи
- число в скобках
- смещение между разрезами двух цепей; плюс означает 5′-выступ
- тип IIS
- например GGTCTC(1/5) — режет за пределами сайта узнавания
Разобранный пример
Подбор ферментов для направленного клонирования в вектор
- и вставку, и вектор нужно резать двумя разными ферментами
- Переключитесь на режим только уникальных сайтов, чтобы отсеять ферменты с несколькими разрезами.
- Выберите два фермента с разными выступами, чтобы вставка встала только в одной ориентации.
- Убедитесь, что ни один сайт не встречается внутри самой вставки.
Ответ пара ферментов, каждый из которых режет ровно один раз в полилинкере
Частые ошибки
- Забыть о чувствительности к метилированию. Метилирование Dam и Dcm в E. coli блокирует такие ферменты, как XbaI и ClaI; инструмент метилирование не моделирует.
- Оставить плазмиду отмеченной как линейную. Без опции кольцевой последовательности сайты на стыке конца и начала не будут найдены.
- Поставить сайт рестрикции на самом краю праймера без запаса. Большинство ферментов не режут сайт вплотную к концу фрагмента; обычно нужно три–шесть дополнительных оснований.
Частые вопросы
Почему позиции отличаются от другой программы?
Здесь позиции считаются с единицы и указывают на начало сайта узнавания, а не на место разреза. Некоторые программы выводят именно место разреза, на несколько оснований дальше.
Зачем нужны ферменты типа IIS?
Они режут за пределами сайта узнавания, поэтому создают любой нужный выступ и не оставляют следа в продукте. На этом построены методы Golden Gate и MoClo.