Последовательности
Обратный комплемент
Преобразование последовательности ДНК в комплемент, реверс, обратный комплемент или РНК; поддерживаются FASTA и вырожденные символы IUPAC. Последовательность не покидает браузер.
Входная последовательность
—
Формула
5'-ATGGCC-3' → 5'-GGCCAT-3'
- комплемент
- каждое основание заменяется парным: A↔T и G↔C
- реверс
- порядок оснований меняется на обратный, сами основания — нет
- обратный комплемент
- обе операции сразу — противоположная цепь в направлении 5′→3′
Разобранный пример
Обратный праймер по 3′-концу целевого участка
- целевой участок: 5'-ATGGCCTAGGAATTCACG-3'
- Возьмите двадцать–двадцать пять оснований с 3′-конца участка.
- Постройте их обратный комплемент.
- Результат и есть обратный праймер; записывать его нужно 5′→3′.
Ответ 5'-CGTGAATTCCTAGGCCAT-3'
Частые ошибки
- Взять комплемент вместо обратного комплемента при проектировании обратного праймера. Основания верные, направление — нет, и праймер не работает.
- Забыть, что последовательности всегда записывают 5′→3′. Запись противоположной цепи 3′→5′ — частая причина путаницы при заказе олигонуклеотидов.
- Игнорировать вырожденные символы. У N и остальных символов IUPAC тоже есть комплементы, и инструмент их корректно преобразует.
Частые вопросы
Чем обратный комплемент отличается от реверса?
Реверс просто переворачивает буквы и даёт бессмысленную последовательность. Обратный комплемент даёт настоящую противоположную цепь — ту, что расположена напротив вашей в двухцепочечной ДНК.
Поддерживается ли FASTA?
Да. Строка заголовка со знаком «больше» читается, сохраняется и снова появляется в скачиваемом FASTA.